Program Studi Doktor Ilmu Ekonomi Universitas Diponegoro (atau PDIE) secara resmi berdiri pada 11 Maret 2002. Legalitas pendirian PDIE didasarkan pada Surat Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi  Depertemen Pendidikan dan Kebudayaan No 497/D/T/2002 tanggal 11 Maret 2002 tentang Surat Ijin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Ekonomi Jenjang Program Doktor (S3) pada Universitas Diponegoro.

PDIE UNDIP sejak didirikan menawarkan tiga konsentrasi: Ilmu Ekonomi, Manajemen dan Akuntansi. Sampai saat ini PDIE UNDIP terakreditasi A sesuai  SK BAN-PT Nomor: 2063/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/D/IV/2020